淋菌はグラム陰性球菌で形はそらまめ状であり、菌体表面に線毛(pili)があり、これがヒトの粘膜細胞表面に付着し、感染します。

潜伏期間 は、男性では3~10日間、女性においては自覚症状も乏しく判然としないことが多いです。

感染後、粘膜細胞の貪食作用により細胞内に取り込まれ、そこで増殖することにより細胞を破壊します。

粘膜細胞(円柱上皮)に好んで付着し、男性では尿道、精巣上体、女性では子宮頸管、卵管などに感染する。しかし、膣、亀頭、外陰部などは扁平上皮細胞と呼ばれる細胞から構成されており、淋菌に対する感受性はなく、感染が成立することはありません。

淋菌は外界での抵抗力が弱く、自然界に生息しえず、淋疾患者のみに生息します。

従って、間接感染は起こらず、ほとんどが性交などの直接感染で、化膿性炎症を起こします。
すなわち、一般的な日常生活の範囲内での自然界からの感染はありません。

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